宋遼金元時期，道教史上的最大事情，就是內丹學的創立和成熟，隨之內丹學成了道教主要的修持方法，道教的面目為之一新。

　　外丹黃白術衰微，內丹學興起，同時也帶來道教修煉觀念的重大變化。魏晉時期諸道書把老子的長生久視解釋為不老不死，而宋元一代內丹家則認為，長生就是延長生命，提供修道的時間，只有煉成永存的元神，與道融合一體，才是修煉的目標。傳統的修生延年煉養之法只不過是引人入道的舟船，長生不是形體生死，只有元神萬古春。這個修煉觀念的變化是道教教義的根本性轉變，這使得全真道的面目和以前宣揚肉身不死的道教有了區別。

　　宋元時期道教鼎新，來源于當時三教融合的趨勢。張伯端的南宗內丹，已經和禪宗融合。全真北宗出世的意味更濃。在宋元時期，內丹有先命后性和先性后命之分，也有男女載接同類陰陽之術和自身陰陽清凈丹法的區別，但最后煉成凝聚不壞的陽神，調神出殼，飛升仙界的目標是一致的。

　　內丹學的興起，也使符箓道教擺脫了原始巫術的束縛，內煉成丹，外用成法的思想得到體現。凈明道在重視儒家倫理綱常的同時，也極為重視內煉功夫。如劉玉《凈明忠孝全書》中說：懲忿則心火下降，窒欲則腎水上升，明理不昧則元神日壯，福德日增，水上火下，精神既濟，中有真土為之主宰，只此便是正心修身之學，真忠至孝之道。

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