歷代內丹家多為文化層次較高的知識分子，他們在內丹修煉中創造了豐富的理論。在此，我們概要地闡釋內丹學的理論，并予以必要的發展和深化。

　　先后天人體三寶說。內丹學將精、氣、神稱作人體的“三寶”，又分為先天和后天。所謂先天，是從自然界和人類社會的初始狀態看，那些無形的，自然本能狀態的，功能性的，超越時空界限的東西。所謂后天，是指從物質世界和世俗社會的現實狀態看，那些有形的，人為的，實體性的，同熵增的物質規律相一致的東西。精、氣、神是人體生命要素的三個層次，不僅有先后天之分，還可以相轉化。后天的精，是指人性交時射出的精液，廣義上還包括人體內分泌的多種激素。先天的精，是在無為狀態下自然而然本能地產生的，又稱元精、真精，主要指人在不受淫心刺激下自發的性功能，廣義上還包括內分泌系統、生殖系統、循環系統等派發生命活力的自然功能。后天的氣指呼之氣;先生的氣為元氣、真氣，寫作“炁”(由煉精化而來，是精、氣凝煉為一的代號)，指人體生命運動的機能，體現為高度有序的能量流和軀體活力。后天的神為思慮之神，稱識神;先天的神稱元神(由煉化神而來，是神凝煉的結果)，呈一種極清醒的無思維狀態。精、氣、神又是修煉內丹的藥物。丹道學中的先天、后天學說給現代人工智能的研究確定了一個界限，即后天的意識皆可以用人工智能模擬的，而先天的意識是人工智能無法模擬的。后天的世界是“明在系”，人類的理性可以認識;先天的世界是“暗在系”，脫離人們熟知的因果律和時空限制，無法被后天的理性所認識，僅能用先天意只來察知。

　　順則生人逆則成仙的內丹學原理。按照道學的宇宙創生演化及人體生成說，宇宙和人體生命的生成皆源于道。道自虛無狀態中化生出元始先天一(亦稱太乙真氣)，又從一中產生陰陽二性。由于陰陽二性交會、激蕩，產生物質、能量、信息三大元素，再由三元演化成萬物紛紜的世界。這就是老子《道德經》“道生一，一生二，二生三，三生萬物”的宇宙演化圖式，人的生成也和宇宙的創生圖式相感應，宇宙中的元始先天太乙真氣，在父母陰陽兩性交合時被招攝進母腹之中，形成胎元，將性命寓于其中。直到十月期滿，胎兒長成，出離母腹，“哇”的一聲，先天祖氣氣斷開，后天氣生。以后每32個月，生元氣64銖，由復卦、臨卦、泰卦、大壯卦、卦至16歲乾卦，得384銖元氣，為純陽之體。其中父母初交，于恍惚之中，合成一，生長出形體未具，神未判，處于混沌狀態的胎兒，為人道的“第一變”。由初生兒至16歲少年，陽精成熟將泄，情欲始萌，為人道的“第三變”。而后識神用事，情欲傷身，每96個月，則生一陰，由24歲卦，經32歲遁卦，否卦(40歲)、觀卦(48歲)、剝卦(56歲)、至64歲坤卦，元氣耗盡。內丹學修煉功夫是一種人體返還工程，即由坤卦返回乾卦的返老還童之術。內丹學的基本原理是認為宇宙演化和人體生命都可以從逆的方向上進行反演的思考。順則生人生物，逆則修煉成仙。內丹家以“三關修煉”阻止人體熵效應，通過“煉精化”的初關仙術將精化盡只剩下和神，為“三歸二”的過程;然后“煉化神”的中關仙術為“二歸一”的過程;最后“煉神還虛”的上關仙術返還于虛無之道。這樣人體沿著逆的方向由“第三變”返到“第二變”，再從“第二變”返到“第一變”，直到虛無之道，內丹就修成了。

　　虛無之道和先天一炁說。內丹學要追求一種長生不死、永恒不滅的狀態，而根據自然科學定律凡是產生的東西最終都要滅亡，僅有虛無是不生不滅的。這樣，返還虛無之道就成了內丹學追求的目標。《唱道真言》云：“夫道之要，不過一虛，虛含萬象。世界有毀，惟虛不毀。道經曰形神俱妙，與道合真。道無他，虛而已矣。形神俱妙者，形神俱虛也。”內丹學認為在宇宙未創生之前，是一片虛無。當宇宙創生之時，虛無之道化生出元始先天一氣(太乙真氣)，這種先天一氣被認為是宇宙萬物運動的一片生機，也是生命運動的源泉。因之，陰陽雙修和清凈孤修兩派丹法都以招攝先天一氣為目標。我們推測，先天一大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是時間和空間還沒展開的宇宙本源，是自然界最根本的內在節律。初始的宇宙中隱藏著秩序，存在著產生普適的宇宙節律的信息源。內丹家通過一種將人體節律和宇宙節律調諧的技術、使人體精、氣、神等元素充分激發，在量子層次上和自然界的本源相互作用，將這種殘留在宇宙中的初始信息招攝到體內。內丹家將人體和大自然的內在節律相調諧，使自己的身心與混沌的宇宙融匯為一體，返回先天的初始狀態，才能同宇宙的自然本性契合，進入道的境界。

　　意識的三層次說。根據我們對內丹學的研究，發現人的意識的官不僅是大腦皮質，還包括丘腦、網狀結構，甚至還有心臟等，中國古醫學認為心主神明、肝出謀慮，膽主決斷，腎出伎巧等是有根據的。這就是說，思維和情感活動在軀體層次上是以人腦及內臟器官等相互制約的復雜生理系統為基礎的。人體的內分泌激素，后天和先天的精、氣、神也是一個系統，是可以相互影響，互相轉化的。人體生命運動的精、氣、神恰好和物理化學運動中的熱、力、光三種效應相互對應，它們都是生命的運動的存在形式，其中最要害的是神。人的心理也是有結構的，是一種過程的秩序。意識是生命運動的最高形式，它可以凝聚為一種有著超微結構的高度有序的客體。人的心理系統中的意識活動和無意識活動都是人類在進化過程中大自然賦予的重要心理功能，其中無意識活動決非無足輕重的自然現象，而是一種深層意識，是人類改造自然和社會的重要潛能。意識活動的生理機制主要在大腦額葉，無意識活動的生理機制在大腦的網狀結構和丘腦。隨著人類進化，人的大腦皮質日益發達，網狀結構的范圍相對減小，但網狀結構中的核體卻日益復雜和分化，人的深層意識也愈加顯示其重要的調節作用。我們可以斷定人的意識共分為三個相互聯系的層次，即常意識(日常的認知、思維活動)、潛意識(隱藏在心理深層的欲望)和元意識(遺傳的本能意識)。常意識是心理表層的理性思維活動，內丹學家稱之為“識神”，它包括人們的感知、判斷、推理等一系列心理程序。內丹功夫中識神的活動分為正念和邪念(即不利入靜的雜念和游思、妄念等)，內丹家要排除邪念，凝聚正念(意守丹田，歸根復命之念)，集中人的意念力透入深層意識之中，增強常意識的可控度，使之以意念力的形式得到凝煉和升華。潛意識是一種非理性的意識層次，包括人們平常不易覺察的胎兒、幼年、童年的記憶(特別是心理未成熟時期的刺激)和隱藏的各種人生欲望、性欲、心理創傷等印痕。日常生活中的重大刺激往往會透過表層常意識在潛意識中留下痕跡。

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