選擇研究課題是研究工作能否成功的一個重要方面，一般可在上述研究范圍內，參考研究任務和目的性，經過對客觀需要的調查、研究現狀的摸索、取得成功可能性的了解，可以初步確定研究課題。初步課題意向是單一的，也可能同時獲得多個課題；初步課題既可能是小的，也可能是一個內容廣泛的大課題；初步課題可能是很專門的，也可能是一個包羅很多的復雜課題等等。此刻，如果研究者可以給予分析、鑒別，確定其最佳選擇，那么就可根據需要和可能等，將研究題目定下來。不然，研究者在這些初步形成的課題面前感到有些無所適從，或下不了決心，那就可向有關專家、前輩、同事或朋友等請求指導，共同分析這些初步設想的利弊，可能性之大小，資料之多少，調查之難易，研究者的興趣和知識基礎，特別是社會效益、學術價值等，在比較中逐步確定其最佳的選題。

研究課題選定后，研究工作能否取得預期效果，大量收集和掌握有關史料就成為關鍵所在。一個極好的選題，沒有足夠史料收集的支持，就不可能形成有說服力的結論，甚至造成研究工作的失敗。醫學史料之收集主要可分為兩大類：即直接史料與間接史料。直接史料，或可稱為第一手史料、原始資料。如就醫學之研究，其檔案材料、自傳、書信、著作手稿、論著、筆記、遺物、墓志銘等；直接史料還有一個重要來源，這就是考古發掘之所得。一般而論，由地下發掘或由石室、古建中所獲者，均有較高的直接史料價值。間接史料，或稱為第二手史料，非直接史料一般均屬此類。如就醫史研究而言，非本人撰寫的有關傳記、回憶錄，或經重編的著作、文藝作品、美術雕刻、評述、論文等，或屬第三次轉引、編錄者，故其學術價值和參考意義便有所降低。不過，也有不盡然者。

史料猶如炊米、原料，醫史學研究如果沒有史料，那就是無米之炊，沒有原料的工廠，這個道理很清楚，無需多費筆墨。如何收集好史料，的確存在著方法和技巧問題。如果對所選課題的基本情況已有初步了解。便從直接史料之收集入手，再及于間接史料；相反，亦可由近及遠，即由間接之二手、三手資料入手、理出線索，再循序收集更有價值的直接史料。其方法大約有：查閱文獻、實地調查、考古發掘、征集等。

要善于鑒別醫學史料的真偽。如上認真的收集和證購，有可能獲得大量有關史料，這就為課題研究創造了良好的條件和雄厚的基礎，然而為了確定其真正價值，還要進行科學的鑒別。

民族醫藥中的精湛技藝和特效方藥倍受重視。

醫學考古學。這是考古學的一個分支。醫史研究與考古學和人類學等交叉研究將要誕生一個新學科，屬于科技考古學的范圍。在中國，考古學主要是對元代以前的有關人本身的遺骸，和使用的工具進行研究。這許多考古資料，可以補證史書的缺漏和不足，是醫學史研究中不可少的。醫學考古學與醫學史雖有研究的對象和方法不同，但卻有著殊途同歸、異曲同功之效。與醫學考古學直接相連的是中國醫史博物館及其學科。遠古以來，在中國的地上地下保存了大量的醫藥遺址、器物等。有的作為名勝古跡被保留下來，有的則被損毀，有的保存在古董商和博物學家手中，有的則被方志、野史筆記、金石學、文獻學所收錄。近代博物館中常有關于醫藥衛生的陳列內容和學術研究成果。