藥物學整個清代，雖然難以找出具有劃時代意義的藥物學杰作，但也異常繁榮，至少在本草著作的數量上空前多，種類空前豐富。

一、

(一)趙學敏的《本草綱目拾遺》在醫學史上，但凡一部偉大著作產生之后，往往會伴隨著產生眾多的后續性著作。在《本草綱目》眾多后續性著作中，成就最大的無疑是清代趙學敏的《本草綱目拾遺》。趙學敏一成中寫過大量有關醫藥方面的著作，其中的《升降秘要》和《藥性玄解》是介紹煉丹方法的，實際上是研究制藥化學的專著；《本草話》是辨別藥物真偽和產地的專著；《花藥卜名錄》專載藥物別名和隱名；《奇藥備考》是補充明代高廉所著《珍異藥品》的著作。可惜這些著作都已散佚無存。趙學敏畢生心血在藥物方面只留下《本草綱目拾遺》10卷尚流傳于世。

《本草綱目拾遺》的主要貢獻在于，他總結了《本草綱目》之后藥物學發展的成就。全書載藥921種，其中的716中為《本草綱目》所未載。這一數字超過了古代任何一部本草著作所新增添的藥物數，對李時珍的錯誤或不妥之處加以訂正。如《本草綱目》載鉛粉辛寒無毒，世人“皆仍其誤”，危害匪淺，趙學敏根據實地考查，證明這是錯誤的，并加以糾正。趙學敏對民間醫藥知識極為重視，他深入到民間勞動群眾當中，虛心學習求教，采集了許多簡、便、廉的草藥和單方。如雞血藤舒筋活絡、鴉膽子治冷痢、千里光治瘡、鷓鴣菜驅蛔蟲、臭梧桐治頭風、六月霜解暑毒等等都直接來源于民間經驗。他還記載了清以來傳入的藥物知識，如治療瘧疾的金雞勒、治療咽喉腫痛的胖大海、外用的日精油及東洋參、西洋參、煙草等等。還記載了一些西藥如消強水、刀創水、沖鼻水等。趙學敏編纂醫藥著作的目的是“可濟于世”，因而他治學態度極為嚴謹。因此《本草綱目拾遺》有很高的科學價值，是清代新內容最豐富的本草著作之一，代表了清代本草學的最高成就。

(二)尊經復古思潮下的本草著作從明代繆希雍《本草經疏》起，明清在藥物理論探討上出現了新的變更，其中有言本草必宗《本經》的尊經派，著力闡發《神農本草經》的藥物機理；有致力于《神農本草經》原文的輯復工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對象，注疏“經方”藥物的。這種尊經復古傾向的產生與清代整個醫學界的復古思潮有關，與清政府禁固思想而產生的乾嘉考據學風也有關。

1、注疏《神農本草經》藥物為主的本草著作《本草祟原》為張志聰的未完稿，經其門人高士繼續完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機之間的關系入手分析藥理，切于實際，通俗易曉。

清代中葉另有姚球撰有《本草經解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結合，與《本草祟原》殊途同歸。

乾隆年間著名醫家除大椿撰集了《神農本草經百種錄》，從辨藥物之形氣監督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對當時一些不明藥性、濫用藥品的時弊予以抨擊。

陳修園撰寫《神農本草經讀》時常結合張仲景用藥法，并結合自身豐富的臨床經驗，頗有建樹。綜上各家的共同特點都是在理論上尊經崇古，但由于以上著作多出于臨床經驗豐富的名醫之手，故有不少寶貴的用藥經驗體會，頗有新的見地，所以流傳較廣。