一、《內經》

(一)張志聰《素問集注》和《靈樞集注》

清初著名醫家張志聰主持編著的《皇帝內經素問集注》和《黃帝內經靈樞集注》，是一種影響頗大的《內經》全注本。

張氏集注本的注釋水平較高。例如對《陰陽別論》中“二陰二陽發病，善張，心滿善氣”一句之“心滿善氣”的解釋，王冰理解為“氣蓄于上，故心滿，下虛上盛，故氣泄出”。其他對《內經》很有研究的醫家吳昆、馬蒔，張介賓等均未對此作出解釋，張志聰則對王注提出異議，認為“善氣者，太息也。心系急，則氣道約，故太息以伸出之”。其解說明確指出“善氣”是善太息，這種心中滿悶而善太息的解釋，符合實際，較為貼切。

張志聰《內經》全注本屢出新見，其觀點在近世產生了較為廣泛的影響，對理論研究有著較大貢獻。

(二)各具特色的分類研究

1、擇分《內經》為九類；汪昂、薛雪汪昂所著《素問靈樞類纂約注》(1689)3卷，選錄《素問》、《靈樞》中除針灸以外的主要內容，分為藏象、經絡、病機、脈要、診候、運氣、審治、生死和雜論9篇，兼采歷代注家之長進行注釋。注文簡明扼要，較為淺顯易懂，為后世學醫者所喜讀。薛雪所著《醫經原旨》(1754)6卷，分為攝生、陰陽、藏象、脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病9類，計14篇。注文簡要，主要參酌張介賓《類經》中的注釋，揉和各家學說重予撰注而成。

2、分類最簡的《醫經讀》：沈又彭所著《醫經讀》1卷，挑選若干條文，分別歸納于平、病、診、治4類之中，可算類分最為簡要者。平，為臟腑的正常生理。病，包括病機、疾病。診即診法，治即治則。故該書分類雖簡，但已概括生理、病理、診法、治則四大部分內容。所選條文較為精當，起到了刪繁就簡由博返約的作用，是一本適用于初讀《內經》者閱習的書籍。

3、探索篇序原貌的黃元御：清代名醫黃元御，以《素問》、《靈樞》代遠年湮，文次偽亂，倡錯簡之論。他以自己的研究心得，著成《素問懸解》和《靈樞懸解》二書，《素問懸解》(1756)13卷，以通行本《素問》81篇的主要內容分為、臟象、脈法、經絡、孔穴、病論、治論、刺法、雷公問、運氣10類，重予編次。《靈摳懸解》(1756)9卷，根據通行本《靈樞》81篇的主要內容，按刺法、經絡、營衛、神氣、脈象、外候、病論、賊邪、疾病9類的次序重予編次。二書可稱《內經》研究中獨辟蹊徑之作。

二、《難經》

此期對《難經》的研究，方式大抵是將《內經》《難經》有關內容相互對照，并以《內經》理論闡述《難經》義理與淵源。

清初莫所《難經直解》(1669)2卷，為《莫氏錦囊十二沖》之一種。莫氏注釋《難經》以滑壽《難經本義》的理論為主，參考其余注家學說，并結合個人見解予以發揮，具有一定參考價值。徐大椿所著《難經經釋》(1727)2卷，以《內經》理論為本，闡發《難經》義理及其學術淵源，其中述源析變、考訂辨論、詮釋發揮，頗具參考價值。黃元御所著《難經懸解》(1756)2卷，主要結合個人學識及閱讀《難經》心得，對81難予以逐段注解，注文多較簡要。

日本學者丹波元胤亦于19世紀初葉撰有《難經疏證》2卷，該書首列其父丹波元簡《難經解題》1篇，元胤征引各家學說結合個人見解補其剩義。

三、《傷寒論》與《金匱要略》

(一)《傷寒論》的研究

清代，由于醫學理論的發展及訓詁學的盛行，《傷寒論》的研究在深度與廣度上都較前代有了新的發展。僅清代前、中期流傳至今的《傷寒論》研究著作在百種以上。

首先是明代已顯端倪的學術之爭，到了清代則更為明朗。主張錯簡重訂或主張維護舊有編次的不同醫家，觀點都比較強烈，均竭力宣稱自己最能反映張仲景的原意。清代主張錯簡重訂的代表醫家是喻昌，其《尚論篇》影響之大超過了明代方有執的《傷寒論條辨》。在他之后，持這一觀點的醫家大致可分為兩部分。一派醫家推崇方、喻提出的編次，著書立說也基本在此二家的基礎上進行。若周揚俊、張璐、吳儀洛、程應旄、沈明宗、陳知等等。另一派醫家則認為即便是方、喻二家也未能盡復仲景原貌，因而他們的重訂工作往往另辟蹊徑而不循方喻。如黃元御撰《傷寒懸解》，錢潢撰《傷寒溯源集》，主張維護舊有編次的醫家有錢塘二張即張志聰、張錫駒，以及陳修園等人。這種學術之爭并非沒有意義，許多醫家為了使自己的觀點更有說明力，往往博覽群書，尋流溯源，深思熟慮，力求得出精辟的分析，獨到的見解。因此其中不乏具有影響的佳作。

此期流傳入境的外者的《傷寒論》研究著作恐怕可謂《傷寒論》研究中的一條不可忽略的支流。至今仍可見到的日本學者的著作不下四十種，以詮釋或集注的形式為多。如丹波元簡《傷寒論輯義》丹波元堅《傷