下面謹就有關編寫與研究中的一些學術和技術問題，作以下必要的說明。

（一）體例與分期問題：在編撰《簡編》這部巨大著作的醞釀過程中，考慮討論了該書的分期問題，最后確定為四巨冊，即古代醫學分卷（遠古～1840）、近代醫學分卷（1840～1949）、現代醫學分卷（1949～1995）與醫史圖譜卷。為首先給人以清晰的時間概念，并能體現醫學發展的規律，古代卷分中國原始人類的醫藥衛生活動等10章，在編述上以時系事，聯系醫家、醫著、學術、體現了縱不斷線，從古通今的連貫性特點。在每章中，又吸取了志書體例，先概述、醫事制度、律令、醫學教育；次醫，藥衛生等學術；再醫藥交流，醫家傳記、醫籍評介；其它較獨特的專節一般放在最后。

醫學史分期，是否切合歷史實際，是測量一部醫學史學術水平的重要依據之一。因為，切合中國醫學發展歷史實際的分期法，不但在宏觀上給人一目了然、綱舉目張的效果，而且透過分期的微觀上還能得出醫學發展在各個時期的實質內函，《簡編》總結多年的理論研究和多部專著分期的實踐，使我們認識到在科學的分期上應注意以下三個不同層次的要求，這就是首先必須充分反映出醫學在各個不同時期的不同實質和特點；其次，要考慮到中國科學技術史和史特點的相對一致性；再次，是在前二者的基礎上，注意社會政治、經濟發展的相關性等。這個層次是不能倒置的。由于中國醫學史是一個網絡狀的結構，這種縱橫交織、綱舉目張的史書體例，能比較全面系統地容納中國醫學史的基本內容，雖在形式上比較固定少有變動，但每章節的內容則各不相同，然而卻能從中看出上下的銜接與發展變化。

（二）關于醫學起源問題。中外醫史界、科技史界歷來對此意見分歧、見仁見智，往往使人莫衷一是，無論是巫源說、動物本能說、圣賢創醫說等等。均不無道理，但又各有偏頗，通過綜合分析，本書在編寫中主張以實踐為主體的多源綜合說，其間有一個內在的邏輯發展過程，人類醫療活動的歷史比巫出現要早，所以單純強調醫源于巫的觀點是站不住腳的。動物越高級，其本能越減退，所以以動物本能為醫的唯一源泉是難以成立的。圣賢創醫說則是復古思潮的產物。所以說醫學起源問題絕非某一單純觀點所能圓滿解釋清楚的。

（三）中國古代醫藥學的形態結構。中國古代醫學是傳統醫學的發展范式，是把人放在天地與社會心理中去考察，具有宏觀整體性，是個多源一體化的結構。在中華形成的過程中，集中了各民族各地區的醫療學術經驗在內。

而居住在中原一帶的醫家在總結各地各族醫藥經驗時“雜合以治，各得其所宜，故治所以異而皆愈者，得病之情，知病之大體也。”因而，當中國古代醫學體系形成和發展過程中，包括在內，在以后的歷程中，以漢醫為主體的傳統醫學不斷地吸收各少數的新鮮經驗，另一方面各少數民族又逐漸結合本地區本民族的醫藥經驗，形成了各具特色的民族醫學，這是中國古代醫史上漢醫與少數民族醫，其共性與個性、整體和部分的統一。