一、接受西方醫學，匯通啟蒙階段(1582～1805年)

西方醫學傳人我國，始于十六世紀下葉。1582年意大利天主教士利瑪竇來到我國廣州。1601年到北京。他在《西國記法》中有關神經學說的論述，是傳人我國第一部西方醫學的記載。之后又有意太利龍華民、羅雅各，德國人湯若望、鄧玉函合譯的《人身圖說》、《泰西人身說概》、《四體液說》等為我國最早的解剖生理學書籍。這些書籍大部分是由他們西方人譯述成中文，少部分譯本有我者參與合作，那也是做些文字的修改潤色而已。

這些書籍開始受到中者、界少數有識之士的注意和興趣。如明代醫家方以智(1611～1671年)，他不僅同意“腦主記憶”說法，而且企圖以西方“四體液說”的理論來解釋脈象。他對中西醫學的不同之處“隨聞、隨決、隨時錄之，以俟日后之會通”。據說，王肯堂的《瘍科準繩》所記載的人體骨骼形狀和數目，就是在和利瑪竇多次交往討論中受西方解剖學的影響而寫成的。還有如王宏翰在《醫學原始》中進一步采納“四體液學說”與理論、臟腑學說融匯，提出“太極元行說”、“命門元神說”，并用西方胎生學理論解釋“命門”形成。

在西方醫學傳人我國的同時，也帶來了西方天文學并很快被我者全面接受。這一歷史事實的成功，首先是因為以徐光啟為代表的一批上層知識分子積極、主動接受西方先進科學技術；其次是從明·崇禎到清·咸豐年間，天文學方面的大權(欽天監)幾乎一直掌握在歐洲人手里；其三是天文學與醫學雖然是我國自然科學中體系龐大而嚴密，但天文學的變革只涉及少數人，天文學家遠沒有像醫藥這樣龐大的行業參與社會經濟活動，它對社會各階層日常生活關系沒有醫藥這樣密切。民間黎民所需僅一本歷書而已，然歷書又不是直接反映天文理論的改革；其四是和醫學比較而言，天文是較簡單純粹便于直觀的學科，而更重要的是當時西方天文學的理論和實踐均超過我國水平。

徐光啟在崇禎二年(1629年)七月一日《禮部為奉旨修改歷法開列事宜乞裁疏》中說：萬歷年間歸化陪臣利瑪竇等數輩觀光人覲，所攜歷法等書尤為精密。其所予推交食時刻，分秒不悉驗。故四十年議歷有監正周子愚呈部乞令陪臣龐迪我、熊三拔等翻譯本書令與中歷會通歸一。”

在祟禎四年.徐光啟又進一步發展匯通思想。說：“臣等愚心以為欲求超勝，必須會通，會通之先，先須翻譯。蓋大統書籍絕少而西法至為詳備，且又近數十年間所定，其青于藍，寒于水者十倍前人……。