年輕淳于意時(shí)喜鉆研醫(yī)術(shù)，拜公孫光為師，學(xué)習(xí)古典醫(yī)籍和治病經(jīng)驗(yàn)。公孫光又將倉公推薦給臨淄的公乘陽慶。當(dāng)時(shí)公乘陽慶已年過六十，收下淳于意為徒，將自己珍藏的、扁鵲脈書、根據(jù)五色診斷疾病、判斷病人預(yù)后的方法、以及藥物方劑等書傳給他。三年后倉公出師四處行醫(yī)，足跡遍及山東，曾為齊國的侍御史、齊王的孫子、齊國的中御府長、郎中令、中尉、中大夫、齊王的侍醫(yī)遂等診治過疾病。

齊文王（公元前178～前167年在位）患肥胖病，氣喘、頭痛、目不明、懶于行動。淳于意聽說后，認(rèn)為文王形氣俱實(shí)，應(yīng)當(dāng)調(diào)節(jié)飲食，運(yùn)動筋骨肌肉，開闊情懷，疏通血脈，以瀉有余。可是有一庸醫(yī)施以灸法，使文王病情加重致死。于是王公貴族誣滔倉公“不為人治病，病家多怨之者。”加之同時(shí)趙王、膠西王、濟(jì)南王請倉公為其治病而未至。官府聽信誣告，把淳于意傳到長安受刑。淳于意生有五女，當(dāng)皇帝詔書進(jìn)京問罪時(shí)，他感傷無男隨行。于是小女兒堅(jiān)持隨父進(jìn)京、并上書朝廷，申述父親無罪，并愿意為奴以換取父親的自由。經(jīng)漢文帝詔問，遂使淳于意被赦免而回故里。淳于意在應(yīng)詔回答漢文帝詢問時(shí)敘述了自己學(xué)醫(yī)、行醫(yī)的經(jīng)過，業(yè)務(wù)專長、師承、診療效果、病例等，史稱：“診籍”（即診病的簿記）共計(jì)25個(gè)病案。他所答詔的病案格式一般均涉及病人的姓名、年齡、性別、職業(yè)、籍里、病狀、病名，診斷、病因、治療、療效、預(yù)后等，從中反映了淳于意的醫(yī)療學(xué)術(shù)思想與醫(yī)案記錄上的創(chuàng)造性貢獻(xiàn)。

淳于意象秦越人一樣，并沒有把醫(yī)學(xué)經(jīng)驗(yàn)的傳授限定在神秘而狹小的范圍內(nèi)，而是廣泛傳授醫(yī)術(shù)，他因才施教，培養(yǎng)宋邑、高期、王禹、馮信、杜信、唐安以及齊丞相府的宦者平等人，是秦漢時(shí)期文獻(xiàn)記載中帶徒最多的一位醫(yī)家。