錢乙3歲時，他的父親東游海上，竟然一去不返，母親又早亡，于是便成了孤兒。他的姑母可憐他孤苦，于是把他收為養子。稍大讀書，后來跟隨姑父呂氏學醫。呂氏病危時，告訴了他的家世，錢乙聽后號淘大哭，請求外出尋找父親，往返五六次，才打聽到父親的所在。又過了幾年，把父親接回來，侍奉至終。不僅如此，錢乙對收養他的呂氏也非常孝敬，“其事呂君，猶事父”。呂氏去世后，因為沒有兒子，錢乙為他收行葬禮盡孝，并幫助將他的孤女嫁出；每年祭祀，和親生兒子一樣。從上所述，反映了錢乙良好的人品道德，這也是他成為名醫的重要條件之一。

錢乙跟隨姑父學醫，勤奮刻苦，精通經典，博覽諸家，尤其對最早的一部兒科專著《顱囟經》更為推崇，并以此做為指導，精專兒科，聞名遐邇。宋神宗元豐年間，錢乙去汴梁（今開封）行醫，譽滿京城，那時正好長公主生病，召錢乙就診，他診病非常準確，皇帝便授予他“翰林醫學”的稱號。后來皇子儀國公病瘛疭（手足抽搐），國醫未能治愈，皇帝聽了長公主的建議，召錢乙診治，進黃土湯而愈。皇帝非常高興，夸獎其醫術，并曉諭眾臣，然后問道：黃土湯為什么能治瘛疭呢？錢乙答道：瘛疭是肝木失養引起的，黃土湯能溫補脾土，土能勝腎水，肝木得腎水滋養，則風自止，而且諸醫都快治好了，到我這正好趕上治愈。皇帝贊賞他說的對，任命他為太醫丞。從這件事例也可以看出錢乙高尚的醫德醫風，不矜持己名，詆毀他醫，因而受到眾醫及病人的愛戴和信任。此后，上至皇戚貴族，下至平民百姓，都愿到他那里看病。錢乙不分長幼妍媸、貧富貴賤，一視同仁，皆認真診治，授之于藥，均滿意致謝而歸。

錢乙“為方博達，不名一師，所治種種皆通，非但小兒醫也。”（《錢仲陽傳》）除醫書外，史書雜說無所不讀，天文地理、社會人事無所不曉，別人讀書拘泥守古，而他能超越框框，融于己見，且大都與理法相合。他精通本草，多識物理，因而能辯認錯誤，別人得到一種特殊的藥，或有什么疑難的事，求教于他，都能有問必答，充分顯示其博學多識的才能和甘為大眾服務的情操。

錢乙在數十年的臨床過程中，積累了豐富的經驗，特別在兒科方面更有創新和收獲，他把這些經驗和體會結合《》、《傷寒雜病論》、《神農本草經》等經典醫著及諸家學說，寫成了兒科專著——《小兒藥證直訣》，但由于生前醫務繁忙，隨著隨傳，比較雜亂。后經弟子閻季忠收集整理，核校編輯，刪去重復，正其謬誤，才于宋宣和元年（公元1119年）正式刊行問世。除《小兒藥證直訣》外，錢乙還著有《傷寒論指微》五卷，《嬰孩論》百篇等，可惜均已失傳。

《小兒藥證直訣》是我國現存第一本以原本形式保存下來的兒科學專書。世界醫學史上與中國醫學史上的地位確是十分重要的。錢乙也因此書名留醫史。